配列比較におけるdynamic Programmingについて

アミノ酸配列や塩基配列を比較したい時に使われる手法の一つ。

こんな辺鄙なところに来る人はダイナミックプログラミング自体は知ってると思うので、ダイナミック・プログラミングの中でもさかのぼり行列(traceback matrix)や Needleman-Wunsch algorithm、Smith-Waterman algorithmについて参考になりそうなリンクをとりあえず載せておく。

Needleman-Wunsch and Smith-Waterman algorithm

Dynamic Programming

Advanced Dynamic Programming Tutorial

Applied Bioinformatics - Syllabus & Reading

Needleman-Wunsch

http://www.bioinformatics.wsu.edu/bioinfo_course/notes.htm

ここのLec5,6

http://ai.stanford.edu/~serafim/CS262_2006/LectureNotes/

ここのLec2, 3, 4

Sequence Alignment – Global Alignment (PDF)

Dynamic programming:

http://www.cs.utoronto.ca/~brudno/bcb410/lec2notes.pdf

http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/bitstream/2065/700/1/1g01p061.pdf

Raindrops Don’t Swat Down Mosquitoes

A fat raindrop falling onto a mosquito should have the impact of a bus running over a human. But the mosquito’s rugged construction helps it survive collisions with even the largest raindrops, report a team of engineers and biologists at the Georgia Institute of Technology in Atlanta online this week in the Proceedings of the National Academy of Sciences.
Mechanical engineer David Hu and colleagues subjected Anopheles mosquitoes to artificial rain, placing the mosquitoes in a mesh-covered acrylic cage and then shooting jets of water into the cage to simulate raindrops falling. The team then filmed the impacts with a high-speed video camera. The videos showed that the mosquitoes would pitch, yaw, or roll to deflect the blows; they survived even direct hits without falling more than about 20 body Lengths. Hu and his colleagues hypothesized that due to the insects’ low mass, the raindrop loses very Little speed and momentum upon encountering the mosquito and thus imparts very little force to it. The mosquitoes’ ability to withstand the impacts may also be due to their exoskeletons, the hard outer covering that protects the inner organs. http://scim.ag/rainmos

LSIでの研修にて①

①としたが続けるかは未定

私は今回の休暇を利用してカナダのLSIにて語学研修を行っております。
その経験について、いつかもう一度LSIにいく時や親戚が語学研修をするときに見返すと共に、もしも見る人がいたら参考になるようにと思い気がついたことをまとめることにしました。

クラス分けテストについて
LSIではレッスンにLv 1～5 までのレベルがあり、そのクラスを決めるために最初にテストを行います。
テスト内容はリスニング、リーディング、ライティング、スピーキングの４種類があります。リスニングについてはやや速いという人が多かったので、事前に英語耳を鍛えておくといいかも。
リーディングはほぼ文法問題、内容は大学受験レベル程度かと思われます。個人的に気になったのは、Someやany、muchやmany、aとtheなど、違いを選ばせる語法問題（？）が多かった印象がありました。そこらへんは重点的に予習しておいたほうがいいかもしれません。

授業について
私はテストの結果Lv 2クラスになりましたが、授業では問題を解き、文章を読み、皆で意見をいいあうというスタイルでした。
個人的な感覚ですが、日本人は文法はしっかりしてる分、それらの知識のアウトプットがうまくできてないので、積極的に話しかけていったほうが英会話がうまくなるという目的の上では効果的だと思います。むしろ問題は簡単で、日本の文法書にしっかり説明されているようなものばかりです、演習量は多いので知識の定着には役立ちますが。
最終的に私のレベルは3まで上がりましたが、一度クラスが決まると次のレベルに上がる機会は少なくなるので、研修期間が短いとレベルアップは大変かもしれません。なので、ハイレベル（？）な授業を受けたいという場合は、クラス分けテストでがんばりましょう。


こんな感じで適当に書いていきます。たぶん②はない

English For Biotech & Life Science

Spring-Summer Term: Apr 2012 - July 2012

SYLLABUS-

English For Biotech & Life Science 3rd Years (W-2);

Tokyo University of Agriculture and Technology

Patricia McGahan XXXXXXXXXXXXXX　cc:XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

In  this class  you will  be doing a  combination  of speaking,  listening,;  reading and  writing.  The emphasis will be on increasing your skills, with a focus on thematic and structural approaches.

Expectations

Attendance and Participation: You will be expected to attend class regularly and actively participate in expressing your ideas and opinions and to work With other students to improve your English language skills and, in addition, thinking and study skills.

Schedule of classes:

April: 11, 18, 25, May: 2, 9, 16, 23, 30

June: 6,  13, 20, 27,      July: 4,  11,.18,

Portfolio: You will need a plastic file folder to keep class handouts and assignments, in addition to a notebook or note paper, and highlighters. Twice a term I will ask to check and review your portfolio. You are expected to include weekly class notes, vocabulary practice, assignments, summaries, and independent study in your portfolio.

Portfolios Reviews-May 23 & July 11

Grading: In-class Participation - 20.%, *

Weekly Class Notes*-15%,

Vocabulary Practice -  20%,

Assignments and Summaries -  25%,

Independent Study - 20%

Tasked Based Learning: Include the following in your portfolio & make sure to identify your work with the class session # (number) and date - (Ex: Class #1: April 11. 2012)

1)  Class  Notes  -   include  in  your  portfolio  a  notebook or note  paper which  contains weekly class notes written on the board during class. Do remember to give your own answers to questions in writing & at times you will be asked to give written answers from partners you work with on assignments.

2)  Vocabulary Practice - each week choose 5-10 terms and or expressions to focus on from readings or materials used in class, or from materials you choose as part of your independent   study.    Focus    on    definitions    both    English    to   Japanese    and English-English,  as well  as  synonyms  and  antonyms  using  a  thesaurus.  Practice using the terms and expressions in your own sentences and questions. Include this practice in your portfolio.

3)  Assignments -  at times you will be given handouts (materials) in class, do make sure you complete the exercises and answer the questions and practice drills. In addition, you will be asked at times to access materials from the internet, print out materials, and bring them to class. Include all materials, given to you and which you access, in your portfolio.

4)  Summaries -  at times you will be asked to write summaries (focusing on key points, main ideas, and your opinions) on various topics we use in class.

5) Independent Study -  at least twice a term (once for the first half and again  in the second  half of the term),  choose a  topic & materials  (it can  be a  written article,  a newscast, a video, a podcast, an audio recording, that you are interested in) -  write 5 to 10 comprehension questions and answers about the topic, include a summary, and give your opinion in a paragraph.

Mid-term portfolio review - May 23

Final portfolio review - July 11

Make sure all of the above is included together in a plastic file folder which also will contain your portfolio grading record forms. (Two copies of the portfolio grading record form will be given to you at the time of the midterm review, on May 23. Please write your name, student # and the class code on both copies and include both copies in the front of your portfolio. One copy, I will keep for my records, and one copy will be returned to you along with your portfolio after the mid-term review. Keep your copy of your grading record and include it again at the time of the final portfolio review in the front of your portfolio.)

3次方程式の一般解

三次方程式の一般解を書いてみた

の一般解は次のようになる

三次方程式の一般解はとてつもなく長いので、pやqなどの文字を使って表記する。pやqは以下のとおり



ωはx^3=1の一般解である。

ちなみに、文字で置き換えずに書こうとするとこんなに長くなる

LaTeXでの表記、恐ろしい
解
x=\begin{ cases } -\frac { b }{ 3a } +{ \left\{ -\frac { q }{ 2 } +\sqrt { { \left( \frac { q }{ 2 }  \right)  }^{ 2 }+{ \left( \frac { p }{ 3 }  \right)  }^{ 2 } }  \right\}  }^{ \frac { 1 }{ 3 }  }+{ \left\{ -\frac { q }{ 2 } -\sqrt { { \left( \frac { q }{ 2 }  \right)  }^{ 2 }+{ \left( \frac { p }{ 3 }  \right)  }^{ 2 } }  \right\}  }^{ \frac { 1 }{ 3 }  } \\ -\frac { b }{ 3a } +{ \omega \left\{ -\frac { q }{ 2 } +\sqrt { { \left( \frac { q }{ 2 }  \right)  }^{ 2 }+{ \left( \frac { p }{ 3 }  \right)  }^{ 2 } }  \right\}  }^{ \frac { 1 }{ 3 }  }+{ { \omega  }^{ 2 }\left\{ -\frac { q }{ 2 } -\sqrt { { \left( \frac { q }{ 2 }  \right)  }^{ 2 }+{ \left( \frac { p }{ 3 }  \right)  }^{ 2 } }  \right\}  }^{ \frac { 1 }{ 3 }  } \\ -\frac { b }{ 3a } +{ \omega  }^{ 2 }{ \left\{ -\frac { q }{ 2 } +\sqrt { { \left( \frac { q }{ 2 }  \right)  }^{ 2 }+{ \left( \frac { p }{ 3 }  \right)  }^{ 2 } }  \right\}  }^{ \frac { 1 }{ 3 }  }+{ { \omega  }^{ 3 }\left\{ -\frac { q }{ 2 } -\sqrt { { \left( \frac { q }{ 2 }  \right)  }^{ 2 }+{ \left( \frac { p }{ 3 }  \right)  }^{ 2 } }  \right\}  }^{ \frac { 1 }{ 3 }  } \end{ cases }
p, q
\begin{ eqnarray } p & = & \frac { c }{ a } -\frac { 1 }{ 3 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }^{ 2 } \\ q & = & \frac { d }{ a } -\frac { 1 }{ 3 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }\left( \frac { c }{ a }  \right) +\frac { 2 }{ 27 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }^{ 2 } \end{ eqnarray }
ω
\begin{ cases } { \omega  }=\frac { -1+i\sqrt { 3 }  }{ 2 }  \\ { \omega  }^{ 2 }=\frac { 1+\sqrt { 3 } i }{ 2 }  \\ { \omega  }^{ 3 }=1 \end{ cases }

・まとめバージョン
x=\begin{ cases } -\frac { b }{ 3a } +{ \left\{ -\frac { 1 }{ 2 } \left( \frac { d }{ a } -\frac { 1 }{ 3 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }\left( \frac { c }{ a }  \right) +\frac { 2 }{ 27 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }^{ 2 } \right) +\sqrt { { \left( \frac { 1 }{ 2 } \left( \frac { d }{ a } -\frac { 1 }{ 3 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }\left( \frac { c }{ a }  \right) +\frac { 2 }{ 27 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }^{ 2 } \right)  \right)  }^{ 2 }+{ \left( \frac { 1 }{ 3 } \left( \frac { c }{ a } -\frac { 1 }{ 3 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }^{ 2 } \right)  \right)  }^{ 2 } }  \right\}  }^{ \frac { 1 }{ 3 }  }+{ \left\{ -\frac { 1 }{ 2 } \left( \frac { d }{ a } -\frac { 1 }{ 3 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }\left( \frac { c }{ a }  \right) +\frac { 2 }{ 27 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }^{ 2 } \right) -\sqrt { { \left( \frac { 1 }{ 2 } \left( \frac { d }{ a } -\frac { 1 }{ 3 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }\left( \frac { c }{ a }  \right) +\frac { 2 }{ 27 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }^{ 2 } \right)  \right)  }^{ 2 }+{ \left( \frac { 1 }{ 3 } \left( \frac { c }{ a } -\frac { 1 }{ 3 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }^{ 2 } \right)  \right)  }^{ 2 } }  \right\}  }^{ \frac { 1 }{ 3 }  } \\ -\frac { b }{ 3a } +\frac { -1+i\sqrt { 3 }  }{ 2 } { \left\{ -\frac { 1 }{ 2 } \left( \frac { d }{ a } -\frac { 1 }{ 3 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }\left( \frac { c }{ a }  \right) +\frac { 2 }{ 27 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }^{ 2 } \right) +\sqrt { { \left( \frac { 1 }{ 2 } \left( \frac { d }{ a } -\frac { 1 }{ 3 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }\left( \frac { c }{ a }  \right) +\frac { 2 }{ 27 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }^{ 2 } \right)  \right)  }^{ 2 }+{ \left( \frac { 1 }{ 3 } \left( \frac { c }{ a } -\frac { 1 }{ 3 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }^{ 2 } \right)  \right)  }^{ 2 } }  \right\}  }^{ \frac { 1 }{ 3 }  }+\frac { 1+\sqrt { 3 } i }{ 2 } { \left\{ -\frac { 1 }{ 2 } \left( \frac { d }{ a } -\frac { 1 }{ 3 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }\left( \frac { c }{ a }  \right) +\frac { 2 }{ 27 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }^{ 2 } \right) -\sqrt { { \left( \frac { 1 }{ 2 } \left( \frac { d }{ a } -\frac { 1 }{ 3 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }\left( \frac { c }{ a }  \right) +\frac { 2 }{ 27 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }^{ 2 } \right)  \right)  }^{ 2 }+{ \left( \frac { 1 }{ 3 } \left( \frac { c }{ a } -\frac { 1 }{ 3 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }^{ 2 } \right)  \right)  }^{ 2 } }  \right\}  }^{ \frac { 1 }{ 3 }  } \\ -\frac { b }{ 3a } +\frac { 1+\sqrt { 3 } i }{ 2 } { \left\{ -\frac { 1 }{ 2 } \left( \frac { d }{ a } -\frac { 1 }{ 3 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }\left( \frac { c }{ a }  \right) +\frac { 2 }{ 27 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }^{ 2 } \right) +\sqrt { { \left( \frac { 1 }{ 2 } \left( \frac { d }{ a } -\frac { 1 }{ 3 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }\left( \frac { c }{ a }  \right) +\frac { 2 }{ 27 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }^{ 2 } \right)  \right)  }^{ 2 }+{ \left( \frac { 1 }{ 3 } \left( \frac { c }{ a } -\frac { 1 }{ 3 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }^{ 2 } \right)  \right)  }^{ 2 } }  \right\}  }^{ \frac { 1 }{ 3 }  }+{ \left\{ -\frac { 1 }{ 2 } \left( \frac { d }{ a } -\frac { 1 }{ 3 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }\left( \frac { c }{ a }  \right) +\frac { 2 }{ 27 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }^{ 2 } \right) -\sqrt { { \left( \frac { 1 }{ 2 } \left( \frac { d }{ a } -\frac { 1 }{ 3 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }\left( \frac { c }{ a }  \right) +\frac { 2 }{ 27 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }^{ 2 } \right)  \right)  }^{ 2 }+{ \left( \frac { 1 }{ 3 } \left( \frac { c }{ a } -\frac { 1 }{ 3 } { \left( \frac { b }{ a }  \right)  }^{ 2 } \right)  \right)  }^{ 2 } }  \right\}  }^{ \frac { 1 }{ 3 }  } \end{ cases }

LaTeX導入への道

綺麗な数式や化学式が書けるというので、LaTeXを導入をやってみた。
今回導入に使用したのは土屋　勝氏の「LaTeX初めの一歩」CD-ROM付きなので、サクサク導入できると思う。

注意するべきなのは環境変数の設定、ここがうまくいかないとコマンドが失敗して、文書が作成できない。
環境変数の設定はスタート→コントロールパネル→システムとセキュリティ→システム→システムの詳細設定→環境変数から編集できる。

編集する際には、変数値の打ち間違いに注意、特に変数値を追加するときには「；」を最初に付けないといけない。

上と下では￥と；の違いだが、上の方ではコマンドは失敗してしまう。

PDF関連ソフト

大学の講義も終わったので身の回りの整理をしているのだが、役割のかぶっているPDF関連ソフトなどがいろいろあったので、整理するついでにまとめてみる

・  閲覧系

・  Adobe Reader X

説明省略、印刷機能がわりと優秀な気がする。ただ、Acrobat.com サービスがいかにも無料で使えるような配置はやめて欲しい

・  Foxit J-Reader

フリーのPDF閲覧ソフトの1つ、後述のXChange Viewerとできることにあまり違いはないが、なぜか使わなくなった。パワーポイントチックに閲覧、編集できるのが魅力。iPhoneのアプリがあった気がする

・  PDF-XChange Viewer

メインで使っている閲覧ソフト、編集バーをうまくカスタマイズしないと肝心の閲覧部分が上2つより狭くなるのが難点。J-Readerと違い、PDFを分割して画像データにして出力できたりする。

・  編集系

・  CutePDF

仮想プリンタを介して印刷できるファイルならpdfにしてしまうpdf作成ソフト。

・  即変(JpegEx)★PDF

仮想プリンタを介さずにPDFを作成するソフト、ただしjpg限定？

試しにTIFで試したらうまくいかなかった

・  PDF Scissors

PDFの余白をカットできる。Java利用

・  PDFor sell

PDFの分割、統合を1つでやってのけるソフト、

・  123 PDF to Image

PDFファイルを画像に変換するソフト、拡張子も選べる。

X-Change Viewerで同じことができるため、いらない子に

・  Pdfpdfpdf

複数のpdfを1つに統合するソフト、PDFor sellの登場でいらない子疑惑が

・  pdf Knife

PDFをページごとに分割、抽出するソフト、PDFor sellの登場で(ry

・  pdfcrack

パスワードをかけたPDFのパスワードを解析するソフト、コマンドプロンプトを利用する。パスワードを忘れたpdfを見るときに有効

しかし、PDFのパスワード解析サイトができたせいであまり使わない

・おまけ

仮想プリンタを介したドキュメント作成が便利すぎる。CutePDFだけでなく、XPS Document Writerや Document Image Writerにはお世話になった。